농림수산식품부는 8. 21일 국방부, 해경청, 지자체 등 관계부처 합동으로 적조 방제에 대응하기로 하고, 이를 위해 적조 발생 현지에 적조대책 종합상황실을 설치 운영한다고 밝혔다.

시, 군 등 지자체에서는 양식장 주변 연안을 대상으로 적조방제에 전담하고, 해군과 해경에서는 외해에 집중 투입하여 적조가 연안에 접근하는 것을 사전에 차단하는 입체적인 활동을 통해 적조 확산을 최대한 방제해 나가기로 하였다.

또한, 농림수산식품부는 7. 30일 최초 발생한 적조가 지속함에 따라, 지자체에 이미 편성한 10.6억 원의 적조구제 예산이 부족해질 것에 대비하여 적조구제와 예방을 위한 예산 13억 원을 추가 확보 전남도와 경남도에 긴급 지원하기로 하였다.

한편, 농림수산식품부에서는 적조 발생지역이 계속 확산함에 따라 어촌계 등을 중심으로 자율 방제활동이 활발하게 이루어지고 있다고 밝혔다. 

전남 고흥군 우도 어촌계와 완도군 어두 어촌계, 통영시 한산 어촌계 등에서는 어업인들이 양식장 관리선을 황토 살포에 투입하고, 자기소유의 모터보트 어선을 이용 주변 양식장에 적조 접근을 차단하고 있다. 모터보트가 다니면서 뭉쳐있는 적조띠를 흐트려뜨리는 한편 스크루에 의한 산소공급 및 살포된 황토 확산 효과가 있다.

현재까지 적조로 말미암은 피해는 전남 여수시와 고흥군에서 돌돔 및 넙치 등 양식어류 50만 마리가 폐사하여 9억 원의 피해가 발생하였으며, 이는 전남과 경남에서 양식하고 있는 양식어류 5억 마리의 0.1%에 해당하는 수치이다.

농림수산부는 적조가 소멸할 때까지 적조대책 종합상황실 운영하여 피해가 발생하지 않도록 온갖 노력을 다해나갈 계획이다. 

아울러, 적조 발생 특보가 내려진 지역의 해상가두리양식장은 어류의 먹이공급을 중단하고, 양식장 내 산소공급량을 늘리며, 육상양식장은 절수와 함께 액화 산소를 투입하는 등의 적조 대응 살포요령에 따라 효율적으로 방제에 임해주길 당부했다.